水族箱内常见的自生藻类，主要有蓝藻、绿藻和矽藻等三种。它们常呈蓝色、绿色、红色、褐色或黑色的丝壮物、毛壮物或糊壮物等著生在水族环境中，消灭相当困难。即使暂时将其消去，它们的孢子仍在伺机等待合适的时机，以便再度繁殖。
水族箱中的鱼类排泄物、残饵及水草肥料的过多所产生的硝酸盐和磷酸盐，都给藻类的发生提供了额外的养分，而使的藻类有机会繁殖，从而影响了水草的正长生长。
藻类与水草在养分上属于竞争对手，它们都会竞相吸收水中的养分，其中硝酸盐与磷酸盐是两者的必须营养源，密植的水草种类可在藻类尚未发生之前，这些养分都被水草吸收，但是，如果硝酸盐和磷酸盐的含量有剩余，就为“藻类生长环境”产生催化作用，
因此，我们应尽可能的控制到水中没有多余的养分的存在，尤其是硝酸盐和磷酸盐以避免藻类的生长的环境发生。就我个人认为，国内各地的水质不同，东北的水中所含的各种矿物质偏重，在对水草施肥上要适量。
到目前为止，尚无一种完全能针对藻类的根除而由决无任何副作用的方法，所以说：“预防重于治疗”下面提供一些预防的方法：
1、要定期换水
2、要密植水草
3、事先放养食藻类的鱼和虾
4、养分要均衡，不可过量
5、鱼的数量不要太多
6、不要使用劣质的水草肥料
7、使用生化过滤器
8、过滤的滤材要定期更换
9、定期检测水中的硝酸盐和磷酸盐的含量。
