由于病鱼病源大部份是长期潜伏，有体内外病原菌和寄生虫类使得鱼只体力衰退，免疫系统的防卫能力下降，才会促使外来的一个紧迫就可以使细菌和寄生虫大量繁殖，使致病鱼的外表黏大量分泌黏液，形成水中的蛋白质额外增加，所以病鱼的体表是细菌和寄生虫的温床，也是水中额外的氨和二氧化碳的来源，因此下药之前及下药之后要不要换水，是靠临场经验，观察力和智慧的判断，在这所提的只能作参考。
一般只要硝化系统运作良好，水不混浊，没恶臭味则不必换水可以直接下药，反之则先换水再下药。下药后如果水隔日就有混浊现象，则只好换水，需要用曝气24小时的储水缸内的水，并且pH需稳定在某一较低数值的储水避免换水后治疗缸内氨毒加剧，这是不得已之动作。
因为生病的鱼是忍受不住再换水所带给它身体的二度刺激会使病情更加恶化，所以治病的鱼缸宜事先准备大一点的鱼缸再挂上部过滤器来使用，尽量靠多更换上部过滤棉来维持水体的水质不要恶化，等鱼病情稳定可以正常游动后才换水。
